腸内フローラ検査でダイエット中の体質は分かる？やせ菌・費用・選び方

2026年10月時点で、腸内フローラ検査は『体質を数値で確認する検査』です。やせ菌・肥満菌の割合などを調べます。

編集部で、通販キットと医療機関の公式ページを読み比べました。

医療機関の料金は、税込18,700円〜22,000円の記載が中心です。

受け方は後半の「5ステップ」、費用は「料金表」にまとめています。

結果が届くまでは、多くのキットで約3〜6週間が目安です。

検査結果は診断ではありません。食事や生活習慣を見直すヒントとして使います。

分かる項目、キットの違い、費用、受け方、結果の読み方の順に整理します。

※2026年10月時点の各公式ページの記載にもとづき、編集部で整理しています。

腸内フローラ検査でダイエット中に分かる体質の項目｜数値で見られる主な内容

代表的なのは、『やせ菌・肥満菌の割合』です。

施設によっては、太りやすさの指数も調べられます。

検査で分かる主な項目を、公式ページの記載から表にしました（2026年10月時点）。

分かる項目	記載のあるキット・施設	出典
バクテロイデス菌とクロストリジウム菌のバランス	スリムチェック	からだのものさし
やせ菌・肥満菌の割合	マイキンソー、クレアージュ東京	Mykinso公式、クレアージュ東京
太りやすさ指数	マイキンソープロ（尾張旭にいのみ内科）	尾張旭にいのみ内科
菌の多様性	マイキンソープロ（ひまわり医院ほか）	一之江駅前ひまわり医院
酪酸菌・酪酸産生菌	マイキンソー、尾張旭にいのみ内科	Mykinso公式、尾張旭にいのみ内科
総合判定（A〜Eの5段階）	マイキンソープロ、クレアージュ東京	たまプラーザ南口胃腸内科、クレアージュ東京

マイキンソーは、マイページで腸内環境の状態や体質の傾向を確認する流れです。

一之江駅前ひまわり医院は、マイキンソープロで分かることを5項目で示しています。

1. 腸内環境の総合評価（A〜E）
2. 菌の多様性
3. 「やせ菌・肥満菌」「ビフィズス菌」など特定菌の割合
4. 個人に合わせた食事・生活習慣アドバイス
5. 継続検査による変化の追跡

体型に関わる項目は、この3番目が中心です。

やせ菌と肥満菌の割合

やせ菌・肥満菌の割合は、『体重そのものを示す数値ではありません』。

スリムチェックは、バクテロイデス菌とクロストリジウム菌のバランスを便検査で測ります。

公式ページは、前者を痩せ菌として知られる菌、後者を悪玉菌と説明しています。

• マイキンソー：測定項目に「やせ菌/肥満菌」がある
• クレアージュ東京：やせ菌、肥満菌、エクオール産生菌の指標を含む
• ひまわり医院：特定菌の割合に「やせ菌・肥満菌」がある

同じ割合でも、キットによって測り方が違います。

太りやすさの指数やスコア

尾張旭にいのみ内科・消化器内科クリニックは、わかることに太りやすさ指数を挙げています。

同院は、腸のタイプや便秘・下痢のタイプ判定も挙げています。

総合判定は、A〜Eの5段階で示すキットがあります。

マイキンソープロとクレアージュ東京の案内に、この記載があります。

指数やスコアは、結果レポートで自分の位置を見るための指標です。

確認した案内には、指数の計算方法の記載がありません。

菌の多様性と酪酸産生菌などの周辺項目

体型に関わる項目のほかに、周辺の項目もあります。

• 菌の多様性：たまプラーザ南口胃腸内科クリニックでは3段階で判定
• 健康長寿菌：同クリニックでは3段階で判定、クレアージュ東京も判定を挙げる
• 乳酸菌・ビフィズス菌：にいのみ内科が主要な細菌の割合に挙げる
• 酪酸菌・酪酸産生菌：マイキンソーは酪酸菌、にいのみ内科は酪酸産生菌を挙げる
• 有用菌・要注意菌の割合：たまプラーザ南口胃腸内科クリニックが挙げる項目
• エクオール産生菌・便秘関連菌：マイキンソーの測定項目

マイキンソープロには、リスク判定の項目があります。

たまプラーザ南口胃腸内科クリニックは、機能性下痢・高血圧・糖尿病・大腸がんを挙げています。

Mykinso公式は、プロの追加項目に機能性下痢リスク・糖質系リスク・血圧系リスクなどを挙げています。

リスク判定は、診断ではなく項目の一つとして読みます。

診断ではないという前提

体重が減るかどうかを示す検査ではありません。

スリムチェックの公式ページに、注意書きがあります。

割合を示す検査であり、体重が減るかどうかの診断ではない、という内容です。

たまプラーザ南口胃腸内科クリニックの案内
「本検査は生活習慣見直しのためのヘルスケアチェックであり、特定疾患の診断や治療に直結するものではありません。」

つまり、検査は『見直しの出発点』です。

検査の位置づけは、意味がないと言われる理由とあわせて読むと整理しやすくなります。

腸内フローラ検査ダイエットの痩せ菌とは｜キットごとに定義が違う

同じ言葉でも、測る菌と指標の出し方がキットで異なります。

検査で出てくる言葉の意味は、用語集にまとめています。

一般にいう痩せ菌と肥満菌の中身

SheepMedical株式会社は、2025年7月16日の発表で、定義を次のように示しています。

• 肥満菌（同社表記はデブ菌）：フィルミクテス門に属する菌
• やせ菌：バクテロイデス門に属する菌

これは同社の定義です。

キットの公式ページでは、測る菌と指標が別々に説明されています。

スリムチェックはバクテロイデス菌の割合

スリムチェックは、痩せ菌として知られるバクテロイデス菌を測ります。

悪玉菌とされるクロストリジウム菌との、バランスも見ます。

『バクテロイデス菌とクロストリジウム菌のバランス』が、この検査の測定内容です。

公式ページは、バクテロイデス菌は短鎖脂肪酸を生成すると説明しています。

マイキンソーは指標の出し方が違う

マイキンソーは、測定項目にやせ菌/肥満菌を挙げています。このほか、酪酸菌や健康長寿菌なども測定項目です。

キットごとに測る菌と指標を並べると、違いが分かります（2026年10月時点）。

キット	測る菌・指標	出典
スリムチェック	バクテロイデス菌とクロストリジウム菌のバランス	からだのものさし
マイキンソー	やせ菌/肥満菌、酪酸菌、健康長寿菌ほか	Mykinso公式
マイキンソープロ（尾張旭にいのみ内科）	太りやすさ指数、主要な細菌の割合	尾張旭にいのみ内科
クレアージュ東京	やせ菌・肥満菌・エクオール産生菌の指標	クレアージュ東京
マイクロバイオミー	脳腸相関スコア、免疫スコアほか	たまプラーザ南口胃腸内科

比べるときは、菌の名前より指標の出し方を見ます。

確認した公式トップページには、マイキンソーの指標の計算方法の記載がありません。

たまプラーザの案内では、マイクロバイオミーは50種類以上の菌の状態も項目です。ビタミンや短鎖脂肪酸の産生能も見ます。

腸内フローラ検査ダイエットは痩せ菌が多いほど良い？｜言い切れない理由

ただし、これは一つの企業の発表です。

SheepMedical社の発表（2025年7月16日）の概要を表にしました。

項目	内容
発表元	SheepMedical株式会社
発表日	2025年7月16日
解析対象	19,252名（欠損データ除外後）
同社の定義	肥満菌はフィルミクテス門、やせ菌はバクテロイデス門
同社の結論	BMIが低い人ほど肥満菌が多く、BMIが高い人ほどやせ菌が多い
資料の種類	企業のプレスリリース

約2万人の解析で示された傾向

解析対象は『19,252名』（欠損データ除外後）です。

同社は、BMIが低い人ほど肥満菌が多く、高い人ほどやせ菌が多いと発表しています。

さらに、低BMIの人は実年齢より腸年齢が若い傾向とも示されています。

同社は、定義そのものを見直す見方も示しています。

従来の定義	同社が示した見方
やせ菌：バクテロイデス門の菌	やせ菌：酪酸を産生する菌
肥満菌：フィルミクテス門の菌	肥満菌：食物繊維からエネルギーを取り出す菌

つまり、菌の名前だけで良し悪しは決められません。

研究発表が示すことと示さないこと

この発表で確認できるのは、BMIと菌の割合の関係です。

示されていること

• 解析対象が19,252名であること
• BMIと菌の割合の関係についての傾向
• 従来研究（154名規模）は分母が少ないという同社の指摘

示されていないこと

• 具体的な割合の数値（確認した発表本文には載っていませんでした）
• 査読を受けた論文であること（企業のプレスリリースです）
• 検査結果が体重の増減を示すこと

検査を受けると体型が変わる、という根拠ではありません。

結果を読むときの3つの注意

• 菌の定義はキットごとに違う（やせ菌とは｜キットごとに定義が違う）
• 割合の多い少ないを、良し悪しで決めない
• 体質の傾向であり、診断ではない

割合が高い、低いだけで、良し悪しを決めないことが大切です。

体型や食事の一般的な情報は、厚生労働省 e-ヘルスネットでも確認できます。

腸内フローラ検査キットの比較｜ダイエットで見る測定項目と受け方

順位は付けません。知りたい項目から選ぶ前提で見てください。

申し込む前に見ておきたい軸は、キットの選び方ガイドでも整理しています。

主要キットを1枚の表で並べる

表の各行は、公式ページの記載にもとづきます。

キット	測る項目	結果の形	入手経路
スリムチェック 公式サイト	バクテロイデス菌とクロストリジウム菌のバランス	スコアの内容を公式ページで案内	公式ショップ・Amazonほか
マイキンソー 公式サイト	総合判定・やせ菌/肥満菌・酪酸菌ほか	マイページで確認	Mykinsoストア・Amazon・楽天
マイキンソープロ 公式サイト	総合判定・リスク判定の項目ほか	A〜Eの5段階判定ほか	導入医療機関（1,500件突破）
クレアージュ東京 公式サイト	やせ菌・肥満菌・エクオール産生菌の指標	総合判定A〜Eの5段階	クリニックで申し込み（電話）

マイクロバイオミーは、費用と日数が大きく異なるため、料金表で扱います。

たまプラーザ南口胃腸内科クリニックは、扱う2種類の違いを次のように案内しています。

• マイキンソープロ：33項目、菌を「属」レベルまで測定、解析場所は日本
• マイクロバイオミー：約70項目、菌を「種・株」レベルまで測定、解析場所は米国

通販キットと医療機関の違い

どちらも目的は、体質の傾向を知ることです。

ひまわり医院は、事前に検査キットの在庫を確認してから受診するとしています。

知りたい項目から選ぶ考え方

知りたいこと	候補になるキット
バクテロイデス菌とクロストリジウム菌のバランス	スリムチェック
やせ菌/肥満菌を含む幅広い項目	マイキンソー
リスク判定の項目もあわせて見たい	マイキンソープロ（医療機関）
約70項目、種や株のレベルで見たい	マイクロバイオミー

マイキンソーの公式ページは、対象を「日々の腸活に役立てたい方」としています。

たまプラーザ南口胃腸内科クリニックは、マイキンソープロの対象に初めて受ける方を挙げています。

迷ったときの目安
先に知りたい項目を決めて、その項目があるキットを選ぶと比べやすくなります。

項目で絞ってから費用と日数を見れば、比べる手間が減ります。

腸内フローラ検査ダイエットの費用｜通販と医療機関の料金表

診察費込みかどうかは、『施設ごとに違います』。

料金表（2026年10月時点）

料金と結果までの日数を、公式ページの記載から一覧にしました。

受け方・施設	税込料金	結果までの日数	出典
マイキンソー（通販）	19,800円	約3〜4週間	Mykinsoストア
マイキンソー定期便版（通販）	14,850円	約3〜4週間	Mykinsoストア
スリムチェック（通販）	公式ページに記載なし	約3週間	からだのものさし
ひまわり医院	22,000円（診察費・キット代込み）	確認した案内に記載なし	一之江駅前ひまわり医院
たまプラーザ南口胃腸内科	22,000円	3週間目安（最長6週間）	たまプラーザ南口胃腸内科
尾張旭にいのみ内科	18,700円	到着後6週間以内にレポート送信	尾張旭にいのみ内科
クレアージュ東京	19,800円	ポスト投函から4〜6週間	クレアージュ東京
マイクロバイオミー（たまプラーザ）	44,000円	6週間目安（最長9週間）	たまプラーザ南口胃腸内科

料金はすべて税込の表記です。

同じマイキンソープロでも、施設で料金が違います。

通販は19,800円で、定期便版は14,850円です。

ひまわり医院とにいのみ内科は、保険外診療（自費）と案内しています。

診察費込みかどうかの見方

確認した案内のうち、診察費込みと明記があったのは一之江駅前ひまわり医院です。

ほかの施設は、診察費の扱いについて確認できる記載がありませんでした。

• 診察費：検査代に含まれるか
• キット代：別に支払うか
• 結果の説明：来院して受けるか

定期便や総額の考え方

マイキンソーには、定期便版の記載があります。

通販の料金は、『19,800円と14,850円』の2種類です。

確認したストアのページ本文には、定期便の回数や条件が見当たりません。

定期便は、条件の確認が先です。回数や条件が分からないまま、申し込まないようにしましょう。

マイキンソーの料金や解約の扱いは、口コミ記事でも確認できます。

尾張旭にいのみ内科は、税込18,700円（税抜17,000円）と両方の金額を載せています。

腸内フローラ検査ダイエットの受け方｜採便から結果までの流れ

結果が届くまでの目安は、多くのキットで『約3〜6週間』です。

購入から結果確認までの5ステップ

Mykinso公式は、検査の流れを5段階で示しています。結果の確認後は、専門家監修のコンテンツやアドバイスを参照する流れです。

採便の注意点

採便の注意は、キットや施設で異なります。

クレアージュ東京の案内にある採便の注意点を、表にまとめました。

場面	注意
抗生物質を服用している場合	投与中止から1ヶ月以上あける
二日酔いになるほど飲酒した場合	1日以上あける
生理期間中	便に経血が付着しないよう注意する
バリウムや下剤の服用直後	元の便の状態に戻ってから採便する

出典：クレアージュ東京レディースドッククリニック

最終的には、同梱の説明書に従ってください。

返送が遅れると、結果に影響が出る可能性があります。Mykinsoストアは、可能な限り1週間以内の返送を案内しています。

スリムチェックのよくあるご質問から、投函の注意をまとめます。

• 土日や連休前：定期回収ポストなら投函できる
• 窓口：郵便局の窓口へ直接出す方法を推奨
• 夏場：常温で1週間程度を想定し、検査結果への影響はないと案内

結果が届くまでの日数

日数は、キットや施設で幅があります。

注文から結果までの流れは、やってみた感想の記事でも整理しています。

結果までの日数	キット・施設
約3週間	スリムチェック
約3〜4週間	マイキンソー（Mykinsoストア）
3週間目安（最長6週間）	マイキンソープロ（たまプラーザ）
4〜6週間	クレアージュ東京
到着後6週間以内	尾張旭にいのみ内科
6週間目安（最長9週間）	マイクロバイオミー

ひまわり医院は、確認した案内に日数の記載がありません。

日数は、予定を決めるときの目安として見てください。

腸内フローラ検査の結果の読み方と食事の見直しへの使い方

結果が届いたら見る順番

ひまわり医院が挙げる5項目の並びが、見る順番の参考になります。

レポートを見る順番や数値の読み方は、結果レポートの読み方ガイドでも解説しています。

順番	見る項目	見るポイント
1	総合評価（A〜E）	全体の位置づけを見る
2	菌の多様性	菌の種類の多さを見る
3	特定菌の割合	やせ菌・肥満菌などを見る
4	食事・生活習慣アドバイス	見直す点を選ぶ
5	変化の追跡	再検査で推移を見る

まず『全体の位置づけから見る』と、細かい項目に迷いにくくなります。

食事と生活習慣を見直す材料にする

結果のあとに受けられる案内は、キットや施設で異なります。

キット・施設	結果のあとの案内
マイキンソー	専門家監修のコンテンツやアドバイスを参照
マイキンソープロ	管理栄養士の無料相談つき
たまプラーザ南口胃腸内科	来院して腸内フローラカウンセラーから腸活アドバイス
ひまわり医院	食事・生活習慣アドバイスが項目に含まれる
マイクロバイオミー（たまプラーザ）	個人に不足する菌と好む食材の特定

小さく始める3つの目安

• 一度に変える点を、1つに絞る
• アドバイスから、続けやすいものを選ぶ
• 体調に不安があるときは、医師に相談する

食事や運動の一般的な情報は、厚生労働省 e-ヘルスネットでも確認できます。

健康食品を足すか迷うときは、医薬基盤・健康・栄養研究所の「健康食品」の安全性・有効性情報も参考になります。

再検査で推移を見るかどうか

ひまわり医院は、継続検査による変化の追跡を挙げています。

尾張旭にいのみ内科も、腸内環境の推移をわかることに挙げています。

確認した案内には、再検査の推奨間隔の記載がありません。

再検査の間隔は、受けた施設やキットの案内に従います。

腸内フローラ検査ダイエットのよくある質問

再検査はどのくらい間隔をあければよい？

確認した公式ページには、推奨間隔の記載がありません。受けた施設の案内に従ってください。詳しくは再検査で推移を見るかどうかで整理しています。

抗生物質を服用中でも採便できる？

クレアージュ東京は、投与中止から1ヶ月以上あけるとしています。キットで異なるため、採便の注意点も確認してください。

生理中でも採便してよい？

クレアージュ東京は、便に経血が付着しないよう注意するとしています。最終的には同梱の説明書に従ってください。

費用はいくらかかる？

医療機関は税込18,700円〜22,000円の記載が中心で、通販のマイキンソーは19,800円です。定期便版は14,850円、マイクロバイオミーは44,000円です。料金表で確認できます。

検査結果で体重が減るかどうか分かる？

分かりません。体質の傾向を数値で見る検査で、診断ではありません。詳しくは診断ではないという前提をご覧ください。

通販キットと医療機関のどちらを選べばよい？

入手経路と結果の受け取り方が異なります。知りたい項目から選ぶと比べやすいです。通販キットと医療機関の違いもご覧ください。

検査を受ける前に整えておきたいこと

腸内フローラ検査を申し込む前の最終チェック

確認するのは、『知りたい項目・予算・受け方・日数』の4点です。

確認すること	見るポイント
知りたい項目	やせ菌/肥満菌、太りやすさ指数、リスク判定の項目のどれか
予算	通販か医療機関か、診察費が含まれるか
受け方	自宅で購入するか、診察を予約するか
日数	結果が届くまでの週数

一之江駅前ひまわり医院は、検査がおすすめな人の例を挙げています。

• 便秘・下痢を繰り返す人
• ダイエットがうまくいかない人
• 肌荒れやアレルギーが気になる人
• 原因不明の不調がある人
• パーソナルな「腸活」情報を求める人

食品表示の基本は、消費者庁 食品表示のページで確認できます。

『知りたい項目を一つ決める』ことが、選び方の出発点です。

目的から絞り込みたいときは、目的別のおすすめ記事も使えます。

比較をもう一度見たいときは、キットの比較をご覧ください。

※本記事の情報は2026年10月時点のものです。最新の情報は各公式サイトでご確認ください。